โรงเรียนปากช่องเปิดสอนในระดับระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนต้น จำนวน 13 ห้องเรียน โดยมีหลักสูตรดังนี้
- หลักสูตรการศึกษาขั้นพื้นฐาน ตามหลักสูตรการศึกษาขั้นพื้นฐาน พุทธศักราช 2551 (ห้อง 1-11)
- หลักสูตรเน้นวิทย์ – คณิต ตามหลักสูตรการศึกษาขั้นพื้นฐาน พุทธศักราช 2551 (ห้อง 12)
- หลักสูตรเน้น English Program ตามหลักสูตรการศึกษาขั้นพื้นฐาน พุทธศักราช 2551 (ห้อง 13)
ระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนปลาย เปิดสอน 14 ห้องเรียน โดยมีหลักสูตรดังนี้
- หลักสูตรเน้นวิทย์ – คณิต ตามหลักสูตรแกนกลางการศึกษาขึ้นพื้นฐาน พุทธศักราช 2551 (ห้อง 1-6)
- หลักสูตรความสามารถพิเศษทางวิทย์ – คณิต (Gifted) ตามหลักสูตรแกนกลางการศึกษาขึ้นพื้นฐาน พุทธศักราช 2551 (ห้อง 7)
- หลักสูตรเน้นวิทย์ – คณิต (Intensive Program) ตามหลักสูตรแกนกลางการศึกษาขึ้นพื้นฐาน พุทธศักราช 2551 (ห้อง 8)
- หลักสูตรเพิ่มเติมคณิต – จีน ตามหลักสูตรแกนกลางการศึกษาขึ้นพื้นฐาน พุทธศักราช 2551 (ห้อง 9)
- หลักสูตรเพิ่มเติมจีน ตามหลักสูตรแกนกลางการศึกษาขึ้นพื้นฐาน พุทธศักราช 2551 (ห้อง 10-11)
- หลักสูตรเพิ่มเติมญี่ปุ่น ตามหลักสูตรแกนกลางการศึกษาขึ้นพื้นฐาน พุทธศักราช 2551 (ห้อง 12)
- หลักสูตรเพิ่มเติมคอมพิวเตอร์ ตามหลักสูตรแกนกลางการศึกษาขึ้นพื้นฐาน พุทธศักราช 2551 (ห้อง 13)
- หลักสูตรพิ่มเติมศิลปะ ตามหลักสูตรแกนกลางการศึกษาขึ้นพื้นฐาน พุทธศักราช 2551 (ห้อง 14)